Structural bioinformatics. Lecturers: Thomas Gaillard and Thomas Simonson; 6 ECTS; 40 hours; lectures and practicals
Many aspects of the structure, dynamics, function, and engineering of biomolecules (proteins but also RNA and DNA) will be discussed. The bases of their stability will be recalled; the main properties of the solvent; the effects that govern refolding and molecular recognition. We will discuss basic modeling tools: sequence alignment, homology modeling, molecular dynamics, docking. In addition to the theoretical bases (course + TD), we will manipulate these tools through mini-projects or TPs, in a linux environment. The softwares used have a very general interest in structural biology; some have been co-developed by the teachers.
Bioinformatique structurale – Lieu : Ecole polytechnique
On abordera de nombreux aspects de la structure, la dynamique, la fonction, et l'ingénierie des biomolécules (protéines mais aussi ARN et ADN). On rappellera les bases de leur stabilité; les principales propriétés du solvant; les effets qui gouvernent le repliement et la reconnaissance moléculaire. On abordera des outils de base de modélisation: alignement de séquences, modélisation par homologie, dynamique moléculaire, docking. Outre les bases théoriques (cours + TD), on manipulera ces outils à travers des mini-projets ou TPs, dans un environnement linux. Les logiciels utilisés ont un intérêt très général en biologie structurale; certains ont été co-développées par les enseignants.
- Teaching coordinator: Gaillard Thomas
- Teaching coordinator: Simonson Thomas